Onderzoek naar kanker in de hoogste versnelling

Foundation Medicine is wereldwijd erkend als een van de beste bedrijven die zich vanuit diepgaande moleculaire kennis richt op genomisch onderzoek. Dat spitst zich toe op DNA en in het bijzonder op genetische veranderingen die kanker beïnvloeden. Het bedrijf heeft een schat aan data maar beschikte niet over tools waarmee onderzoekers en farmaceutische bedrijven die informatie snel kunnen ontrafelen. DEPT® ontwikkelde klantspecifieke software waarmee onderzoekers de rijkdom aan data van het bedrijf efficiënt kunnen raadplegen. Bovendien kunnen medische professionals resultaten van klinisch onderzoek invoeren om genetische afwijkingen op te sporen en na te gaan hoe specifieke, doelgerichte therapieën die afwijkingen hebben beïnvloed.

Volgens onze agile werkwijze lanceerden we in eerste instantie een minimum viable product, ofwel een MVP – een eerste basisversie van een app die interne medewerkers konden gebruiken voor eigen research. Deze methode noemen we wel ‘eerst je eigen wijn proeven’. Door de onderzoekers van Foundation Medicine zelf het product te laten gebruiken, konden we het concept snel bijstellen en bepalen welke schermen en flows het meest waardevol waren voor de gebruikers en daarmee voor de onderneming.

Binnen drie maanden ontwikkelden we meerdere tools voor Foundation Medicine die hun teams in staat stellen om genetische data uit een laboratorium te laden en van daaruit, in combinatie met andere data en factoren, efficiënt rapporten te genereren. Hierin werden aan elkaar gekoppelde klinische experimenten, therapieën en contextueel relevante informatie (zogeheten tekstmodules) en de bijbehorende genomische data zichtbaar gemaakt. Zo konden de interne teams hun data snel opdelen en in ontelbaar veel varianten in beeld brengen. Dit resulteerde in de mogelijkheid om meer rapporten te realiseren dan ooit tevoren. Daarmee werden de mogelijkheid om data te analyseren enorm verbeterd.

De verandering is aanzienlijk in vergelijking met het bestaande systeem. Voorheen werkte iedere onderzoeker nog met zijn eigen spreadsheets voor data-analyse, waardoor kostbare tijd en beschikbaarheid van hoog opgeleide genetici verloren ging. Nu krijgen onderzoekers snel en adequaat antwoord op vragen als “hoe vaak komt ziekte X voor bij genverandering Y?” Daarmee is een stevige basis gelegd voor effectievere therapieën en behandelingen. Meer en sneller beschikbare datagedreven onderzoeksresultaten zorgen over de hele linie voor betere medische zorg.

Vanuit zakelijk oogpunt bieden de nieuwe tools de genomische specialisten de mogelijkheid om therapieën, testen, tekstmodules, en de ontwikkeling van genen, biomarkers en ziektebeelden te verbeteren. Hierbij is voorzien in een rule engine. Deze software voor de toepassing van bedrijfs- en sectorspecifieke regelgeving stelt gebruikers in staat data te koppelen aan gen- en ziektecategorieën, gebaseerd op verbeterde, op samenhangende eigenschappen gebaseerde informatie. Als deze informatie verandert, vindt er direct een audit plaats die zichtbaar maakt in hoeverre de wijziging van invloed kan zijn op de regelgeving. Er zijn ook algoritmes ingebouwd die ervoor zorgt dat de samenstellers van de rapporten hun informatie niet steeds opnieuw hoeven te rangschikken.

Onze eerste productlancering groeide snel uit tot een krachtig data-analyseplatform, genaamd FoundationInsights™. Het platform biedt toegang tot rijke analyses op genomische en klinisch-genomische datasets. Het is een essentieel onderdeel geworden van werkzaamheden rond kankeronderzoek. In een periode van zes maanden werkte DEPT® nauw samen met het technische team van FMI om het product met essentiële functies te upgraden. Tegelijkertijd vond in het interne productteam van FMI de transitie plaats naar toepassing van de app. Op dit moment geldt FoundationInsights ™ als een cruciale tool in de strijd tegen kanker. De beste genomica-experts ter wereld maken er gebruik van.

DEPT® creëerde een database en software van wereldklasse en implementeerde deze in de bestaande kennisbank van Foundation Medicine. Dit stelt onderzoekers in staat hun research- en analyseprocessen te versnellen door de efficiënte manier waarop gegevens zijn in te voeren en te ordenen. Nu al biedt FoundationInsights™ ondersteuning bij de verwerking van meer dan 300.000 genomische profielen en werden meer dan 150 sub-varianten van kanker in kaart gebracht. Daarmee behoort FoundationInsights™ op het gebied van kankerbestrijding tot de grootste databases ter wereld.