Overslaan en naar hoofdinhoud gaan

Goldfinch Bio

Het platform bouwen dat onderzoek naar nierziekten versnelt

Image
3
onderling verbonden omgevingen
1
1 webgebaseerde applicatie

Goldfinch Bio is een Amerikaans biotechbedrijf dat kritisch onderzoek doet naar precisietherapieën voor patiënten met een nierziekte. Het verzamelt monsters van patiënten en schrijft deze in zijn Kidney Gnome Atlas (KGA). Hiermee maakt Goldfinch Bio een dataset die groot genoeg is om statistische methoden te gebruiken om potentiële medicijnen te identificeren met genetisch bewijs. Samen met Dept bouwde het bedrijf een dynamische webgebaseerde applicatie waarmee alle verzamelde en geproduceerde gegevens als onderdeel van de KGA naar boven kunnen worden gehaald. Onderzoekers kunnen daarmee hun complexe workflows vereenvoudigen en efficiënte datavisualisaties creëren waarmee ze beter en sneller kunnen werken.

Versnelde groei voor verder onderzoek naar nierziekten

Chronische nierziekte is een groeiende gezondheidsepidemie die naar schatting 37 miljoen mensen in de VS treft. Gezien dit grote aantal in Amerika alleen al is er een toenemende behoefte aan nieuwe behandelingsopties om deze specifieke patiëntenpopulatie te helpen. Goldfinch Bio is gericht op het ontdekken en ontwikkelen van precisietherapieën voor patiënten met nieraandoeningen. Dept werkte met het biotechbedrijf samen om de behandeling van nierziekten te versnellen door de verwerking van grootschalige genomische en longitudinale patiëntgegevens te automatiseren, complexe workflows te stroomlijnen en repetitieve taken te verminderen.

 

Image

Door de verwerking van grootschalige patiëntgegevens de automatiseren, versnelt het onderzoek naar de behandeling van nierziekten.

Een holistisch, onderling verbonden systeem creëren

Goldfinch-onderzoekers en computationele biologen werkten voorheen met een complexe, niet-verbonden workflow om een enorme hoeveelheid gegevens afkomstig van verschillende bronnen te kunnen ontvangen, verwerken en analyseren, zoals geanalyseerde biopsies, tests, patiëntmonsters, enz. Goldfinch gebruikte meerdere systemen en softwaresuites om naar de gegevens te kijken, cohorten te vergelijken en verbindingen te testen in het laboratorium. Het bedrijf had een oplossing nodig om de systemen te verbinden zodat onderzoekers snel van het cureren en onderzoeken naar het valideren van hun gegevens kunnen gaan.

Om dit probleem op te lossen, begonnen we het project met een design sprint. Daarna deden we uitgebreid gebruikersonderzoek onder biologen en de medische onderzoekers van Goldfinch om hun workflow beter te begrijpen en te leren wat ze nodig hadden van de data. Dit stelde ons in staat om de benodigde workflows voor elk team duidelijk te articuleren. We groeiden naar een visie toe een softwareplatform te creëren dat verschillende workflows kon verbinden met visualisaties die het werk van elk team sneller zouden maken. 

We bouwden snel een prototype van het platform zodat we konden beginnen met testen en itereren op basis van feedback van het onderzoeksteam. We ontdekten dat de onderlinge verbondenheid van het platform de onderzoekers en biologen in staat stelde om veel efficiënter gegevens te verzamelen, deze te onderzoeken en vertrouwen te hebben in wat ze vonden. Dit was cruciaal, omdat het team hierdoor sneller kon nagaan naar welke genmutaties ze verder onderzoek wilden doen. Van daaruit evolueerde het prototype naar een krachtige softwareapplicatie met een enorme reeks functies en visualisaties voor het Goldfinch-team.

Image

Drie omgevingen verpakt in één applicatie

Het resultaat was drie verschillende omgevingen voor ontwikkeling, staging en productie van de algehele applicatie. We gebruikten een eenvoudige opslagservice (Amazon S3) die communiceert met een API die is gebouwd op een grotendeels serverloze stack in AWS. Een back-up van de API is een event-gedreven pipeline die op aanvraag alles produceert wat de app nodig heeft. Dus wanneer iemand een nieuwe studie uploadt vanuit de app, wordt de pipeline gestart. De gegevens die aan gebruikers worden gepresenteerd, zijn afgeleid van petabytes aan onbewerkte gegevens. Deze gegevens worden verwerkt, verfijnd en gedestilleerd tot een veel kleinere, beter beheersbare gegevensset. Het wordt bovendien aangevuld, verrijkt en geannoteerd met openbare gegevens om te proberen de eindgebruikers alles te geven wat ze nodig hebben om de genetische oorzaken van nieraandoeningen beter te begrijpen. De verschillende onderzoekers van het bedrijf kunnen nu op een efficiëntere manier werken en belangrijke patronen aan het licht brengen die verder onderzoek zullen ondersteunen. Zo identificeren ze sneller potentiële nieuwe medicijnen voor nierpatiënten.

De innovatieve aanpak van het bedrijf verbeteren

De visie van Goldfinch is om nierziekten uit te roeien door middel van precisiegeneeskunde. De mogelijkheid om grote hoeveelheden gegevens te evalueren, processen te automatiseren met technologie en uiteindelijk de workflow te versnellen, betekent veel voor het bereiken van die visie. Met onze hulp kan het bedrijf efficiënter werken door minder handmatig werk te doen en gemakkelijk complexe datavisualisaties te zien via het platform. Voorheen waren tools van derden en handmatige inspanningen nodig om samen te kunnen werken. Deze innovatieve visualisaties stellen het team in staat om belangrijke patronen op te sporen die zullen dienen voor verder onderzoek en uiteindelijk behandeling in de toekomst.

Deze mensen weten alles over dit project