Auf der Spur der Krebsheilung

Foundation Medicine ist ein weltweit anerkanntes Unternehmen für molekulare Erkenntnisse, das sich auf die Genomforschung konzentriert. Dabei geht es darum, herauszufinden, wie sich genomische Anomalien auf Krebs auswirken. Das Unternehmen verfügte über einen Berg von Daten, aber keine Tools, mit denen Forscher:innen und Pharmaunternehmen diese schnell auswerten konnten. DEPT® entwickelte eine maßgeschneiderte Software, mit der Forscher:innen den Datenschatz des Unternehmens effizient abfragen und Mediziner:innen klinische Ergebnisse eingeben konnten, um nicht nur genomische Anomalien zu verfolgen, sondern auch, wie sich bestimmte Zieltherapien auf diese Anomalien auswirken.

Gemäß unserer agilen Methodik brachten wir zunächst ein „Minimum Viable Product“ (MVP) auf den Markt, das die internen Mitarbeitenden für ihre eigene Forschung nutzten. Indem wir die Forscher:innen von Foundation Medicine das Produkt selbst nutzen ließen (was wir gerne als „Verkostung des eigenen Weins“ bezeichnen), konnten wir das Produktkonzept weiter verfeinern und feststellen, welche Bildschirme und Abläufe für die Nutzer:innen und damit für das Unternehmen am wertvollsten waren.

Innerhalb von drei Monaten statteten wir Foundation Medicine mit einer Reihe von Tools aus, die es dem Team ermöglichten, genetische Daten aus einem Labor zu übernehmen und auf der Grundlage dieser Daten und anderer Faktoren verschiedene Berichte zu erstellen. In diesen Berichten wurden passende klinische Studien, Therapien, kontextrelevante Informationen (auch als „Textbausteine“ bezeichnet) und relevante genetische Daten über sie dargestellt. Die internen Teams des Unternehmens konnten nun ihre Daten schnell aufteilen und in einer Vielzahl von Formaten anzeigen, was ihnen die Erstellung von Berichten ermöglichte, die sie zuvor nicht kannten und ihre Fähigkeit, Daten auf neue Weise zu analysieren, drastisch verbesserte. Dies war eine große Veränderung gegenüber dem bisherigen System, bei dem jede:r Forscher:in seine oder ihre eigenen Tabellenkalkulationen zur Datenanalyse erstellen musste, wodurch wertvolle Zeit und Ressourcen der Genomic-Doktor:innen verschwendet wurden. Forschende können nun Fragen wie „Wie häufig tritt Krankheit X bei Genveränderung Y auf?“ auf eine Weise beantworten, die direkt zu verbesserten Arzneimitteltherapien und Behandlungen führen. Mehr und schnellere datengestützte Forschungsergebnisse bedeuten eine bessere medizinische Versorgung auf breiter Front.

Aus geschäftlicher Sicht ermöglichten diese Tools Genomiker:innen die Kuratierung von Therapien, Studien, Textbausteinen und Ontologien von Genen, Biomarkern und Krankheitsbäumen. Dazu gehört eine Regelmaschine, die es Genomiker:innen ermöglicht, Therapien, Studien und Textmodule mit verschiedenen Kombinationen von Gen- und Krankheitsgruppen zu verknüpfen (basierend auf den kuratierten Ontologien). Wenn sich diese Ontologien änderten, prüften wir automatisch die Regeln, die davon betroffen sein könnten, und markierten sie. Außerdem haben wir Algorithmen angewandt, um zu verhindern, dass Genomiker:innen den Text in jedem Bericht neu anordnen müssen.

Unsere anfängliche Produkteinführung entwickelte sich schnell zu einer leistungsstarken Datenanalyseplattform namens FoundationInsights™, die den Zugang zu umfangreichen Analysen genomischer und klinisch-genomischer Datensätze ermöglicht. Sie ist zu einem wichtigen Bestandteil der Arbeit von Krebsforschenden geworden. Im Laufe von sechs Monaten arbeitete DEPT® eng mit dem FMI-Entwicklungsteam zusammen, um das Produkt um wichtige Funktionen zu erweitern, während die App gleichzeitig an das interne Produktteam von FMI übergeben wurde. Heute gilt FoundationInsights™ als wichtiges Instrument im Kampf gegen Krebs und wird von vielen der weltweit führenden Genomiker:innen genutzt.

DEPT® hat eine erstklassige Datenbank und Software entwickelt und in die bestehende Wissensdatenbank von Foundation Medicine integriert. Dadurch konnten die Forscher ihren Forschungs- und Analyseprozess beschleunigen, da die Daten leicht eingegeben und kategorisiert werden können, was den Zugriff auf die Informationen für andere erleichtert. Heute hat FoundationInsights™ die Verarbeitung von über 300.000 genomischen Profilen unterstützt und über 150 Krebs-Subtypen kartografiert, was die Datenbank zu einer der größten Krebsdatenbanken der Welt macht.